比长江、华南更早的稻谷遗存出土，否则只能停留在生物学上的推论。此外，云南的野生稻主要是疣粒野生稻和药用野生稻，作为栽培稻直接祖本的普通野生稻仅仅在靠南边的个别地点才有发现，因此云南不是普通野生稻分布的中心。近年来，通过农学家的研究，还发现云南的野生稻和内陆的野生稻遗传基因有些区别，云南的野生稻偏向籼型，内陆的野生稻偏向粳型，与当地的栽培稻的基因更为接近，因而云南的野生稻不大可能是长江流域栽培稻的直接祖本。因此，就是从生物学的角度来看，“云南说”的根据也并非是很充足的。
    “长江下游说”主要是根据河姆渡遗址发现的当年是年代最早的大量稻谷遗存而立论，由于后来位于长江中游的彭头山、玉蟾岩、仙人洞以及淮河流域的贾湖等遗址发现的稻谷遗存都远远早于河姆渡，因而也就失去说服力。游修龄先生还从水稻品种资源的角度提出批评：  “太湖地区的水稻品种资源，……具有明显的继承性，同福建就完全不同，同安徽则同中有异。江苏、浙江的水稻品种在历史上既表现出丰富性又表现为特定地域性，使它的影响不可能成为一个中心一直散布华中、华南。湖北、湖南、江西的水稻地方品种在明清的方志中，其名称、称呼都和太湖地区有很大差别……所以把它们归结为以太湖地区为中心，呈波浪形的持续几千年的扩散恐难以成立。”[28]
    同样，由于彭头山等遗址的发现而兴盛起来的“长江中游说”，也是主要依靠考古发现来立论。但是考古发现带有很大的偶然性，目前发现是最早的遗址，将来未必就是最早的。别处目前没发现，不等于将来不会发现，如果只根据考古发现的早晚来推论稻作起源地，本身就容易被考古新发现所否定。因此，虽然目前“长江中游说”的根据似乎最充分，但仍然无法成为定论。
而“华南说”过去因该地区出土的稻作年代较长江中下游为晚，为不少人所否定，但从古气候学的角度分析其成为栽培稻起源地的可能性，却是不容忽视的。特别是近年来在江西万年仙人洞、接近于广西的湖南道县玉蟾岩以及广东英德牛栏洞都发现了距今l万年左右的稻谷遗存(稻谷及水稻植硅石)，就使得“华南说”更加具有说服力，重新引起人们的重视。 
总之，中国稻作起源于何处，目前还难以得出统一的结论，而且，一时也不可能有定论。以致有人认为水稻的起源可能是多中心的。如日本学者冈彦一就认为：“栽培稻是多元起源或分散起源的。”[29]连主张“长江下游说”的严文明先生也说：“既然适于栽培的野生稻在中国、印度和东南亚等许多地方都有分布，那么栽培稻也就可能在许多地方较早地独立发生。中国的水稻固然不必到外国去找根源，而中国本身也不必只有一个栽培稻起源的中心。”[30]。因此有些学者主张不必将稻作起源中心定在一个狭小的范围内，可以将整个长江中下游地区(甚至包括华南地区)都视为起源地，其时间至少距今l万年以上。考古学家安志敏先生在1984年就认为“中国的稻作农耕以长江流域为最早……从考古上可以证明它是稻作农耕的起源地”。“并且长江中下游可能是它的起源中心”[31]。严文明先生在《再论中国稻作农业的起源》中，也赞同将长江中下游视为起源地，“作为一种假说，也未尝不可以把华南和长江中下游看成是一个统一的稻作农业起源区，只是各自所起的作用不尽相同罢了”[32]。于是，1993年在日本佐贺大学举行的“中日国际稻作和东亚农耕学术讨论会”上，中国学者参加的有农学家王象坤，考古学家严文明、何介钧、刘军和陈文华。在大会上陈文华代表中方代表团发言，明确表示不赞同“稻作起源于云南说”，而主张“起源于长江中下游说”，得到许多日本学者的支持[33]。
其实，就考古发现来说，要探求稻作的起源，仅有稻谷标本还不够。因为仅靠稻谷标本本身无法了解当时水稻的种植情况，因此寻找原始稻作的稻田一直成为中国南方考古学家的一个重大的课题。
  3．古稻田的发现
 
古稻田的发现对研究稻作农耕的起源有着重要的意义。稻谷标本的发现，固然可以推断稻作起源的年代，但是却难以了解稻作在当时经济生活中所占据的地位，也无法确定当时种植的规模和技术水平。只有原始的稻作生产发展到一定的水平才可能出现稻田，因而古稻田的发现对研究原始稻作农耕的起源具有重大的科学价值。可是，我国过去长期未能发现原始农业的稻田遗址，一直引为遗憾。直至20世纪90年代才取得了突破性的成就，先后在江苏省苏州市草鞋山和湖南省澧县城头山遗址发现了距今6000多年的稻田遗址。
    1992年至l995年以来，南京博物院考古研究所与日本同行们合作，对原吴县(今划归苏州)草鞋山马家浜文化遗址进行重新发掘，目的是寻找当时的稻田遗址，结果获得成功，发现了距今六千多年的稻田遗址。在马家浜文化遗址东区发现水稻田33块、水沟三条、水井六个。水稻田的平面多为圆角长方形或椭圆形或不规则形的浅坑。面积小的仅有0.9平方米，大的达12.5平方米，浅坑深0.2～0.5米，成西南一东北成行排列。水稻田之间有的用水口相通，并有水沟、蓄水井(坑)等设施，使水流经水沟、蓄水井(坑)而进入水稻田内。在西区发现人工开

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