为各地之间经济发展程度有差异。通过计量分析，发现当地人均财政支出水平、人均GDP的绝对数量和相对差异都对这种地区间的教育经费差异性有很强的正向关系。因此，要想解决地区之间义务教育经费投入的差异性，最根本的措施在于均衡的发展各地经济。为了解决全国范围内的区域之间经济发展不平衡，国家已经采取了“西部大开发”、“振兴东北”、“搞活中部”等一系列措施。
由于经济体制决定了教育财政体制，因此，要想缓解区域之间教育发展不平衡，最为根本的方法是进行农村财政、经济体制改革，然而，在既定的预算约束下，优化教育资源的配置也是解决问题的更为直接切实的方法。也就是说，如果能够找到一个有效的方案使得同样的经济资源可以产生更大的经济效果，那么在推行农村财政体制改革的同时，深化教育体制，或者说教育财政体制的改革将有助于减少财政体制变革对于农村教育的冲击（都阳，王美艳，2002）。
目前我国义务教育财政体制存在的一些问题直接导致了区域之间教育经费投入的差异性。首先表现在义务教育经费的投入不够。对于对基础教育的拨款数量，中国政府并没有做出明确规定，但是《教育法》规定：“各级人民政府教育财政拨款的增长应当高于财政经常性收入的增长”。
其次，表现在经费负担结构不合理，政府的公共教育经费主要分配给了高等教育，对于义务教育的重视程度不够。从1993年到1998年期间，中国政府预算内三级教育经费的比例（高等:中等:初等）基本稳定在1:2.0:1.5，而国际上的平均水平则是1:2.5:9.2。由此可见，中国的三级教育经费分配中对初等教育的投入力度太小，而高等教育的支出比重则过高，三级教育经分的分配结构很不合理。
第三，在政府的公共教育经费支出中，中央和省级政府的投入力度过小。对于各级政府究竟应该负担多大比例的义务教育经费，虽然没有对此作出明确规定，但是从下列数据仍然可以看出中央和省级政府的投入力度过小：以1997年为例，在中国的五级财政中，乡级财政在教育方面的支出比重最高，几乎占了本级财政支出的一半；其次是县级，占财政支出的比重近20％；市级和省级的比重则在15％左右；而中央政府的教育支出比重仅有2.4%，远远低于其他四级财政的教育支出比例（孙国英，许正中，王铮，2002）。由于我国目前采取的是“三级办学、两级管理”体制，具体的说，就是义务教育实行县、乡、村三级办学，县、乡两级管理。广大农村地区的义务教育主要靠乡、村两级政府来办，而村一级没有财政，乡一级的财政又是各级财政中最为薄弱的，这就使得义务教育在基层地区的发展基础十分薄弱。并且，随着1994年的“分税制”改革，中央和省级政府的财力得到加强，分权化的基础教育改革又要求基层政府承担主要的义务教育发展责任，二者之间的矛盾导致农村地区义务教育发展的区域差异明显。1998年中央财政收入与地方政府财政收入的比例改变为52：48，地方政府尤其是县乡政府的财政收入日渐困难，而教育成本由于教师工资和教材等材料价格的上升而提高，许多地区单靠县乡财政已经难以承担义务教育的全部经费，贫困地区有的县乡全部财政收入还不够发放教师工资；在农村义务教育的管理权下放到乡级政府后，由于乡财政中的大部分是教师工资，容易被挪用，这样就连续出现了大面积拖欠教师工资的现象，2000年曾达到180亿元，有的地区拖欠达半年以上，农村教育面临着经费短缺的严重困难（谈松华，2003）。
基于以上的分析，为了解决地区之间义务教育经费投入的差异性，应当从教育财政体制的改革开始。首先，政府应当明确义务教育发展的目标。目前，我国政府只规定要“普及九年制义务教育”，这种目标应该说不是很明确的。因为普及义务教育只是从入学率、升学率、辍学率等指标进行考察，是一个层次比较浅的目标。政府对于义务教育的责任不仅仅是保证其“免费实施”，还应当保证义务教育机会的公平。因此，政府应当努力让每个适龄儿童接受达到某一最低标准的义务教育。这样一来，政府在实施义务教育的时候，就要考虑到公平性这个标准，才可能在具体的教育财政拨款体制中做到“公平优先，兼顾效率”。
其次，应当确立义务教育财政拨款在公共财政中的优先地位，加大对义务教育的拨款力度。根据《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，“政府的教育拨款主要用于保证普及义务教育的资金投入和承担普通高等教育的大部分经费”，因此，要进一步加强义务教育在公共财政中的地位。
第三，在分税制改革背景下，明确各级政府的教育投入范围和各级政府的责任分工，各级政府合理分担义务教育经费。对于政府的教育投入范围，首先应该正确划分教育领域的公共物品和私人物品，将财政资源集中在公共物品的提供上。特别是对于公共物品属性最为明显的义务教育来说，政府财政应该加大投入力度，尤其是对农村地区的投入力度，切实保证每个适龄儿童接受免费的义务教育，保障农村人口的基本受教育权利。对此，各级政府应该划分各自的教育职责。中央政府的主要职责应该是保证教育机会的公平，比如说为义务教育提供转移支付资金；而省级政府有责任为平衡本省或本市内部各个地区之间的义务教育发展差异提供资金支持。根据研究，我国教育发展不平衡更多的表现为省内不平衡而非省际不平衡，因此，省级政府对于保证教育机会的公平至关重要；县级政府作为我国目前义务教育经费的主要投入主体，应当为实施免费的义务教育提供充足的资源（岳昌君，2003）。对此，可以参考日本、美国的教育财政体制。在日本，中央政府负责全国义务教育教师的工资（我国基层政府的教育经费主要用于支付教师工资，并且在许多经济基础薄弱的地区连教师工资都无法足额支付，人员经费挤占公用经费的问题严重，因此日本的做法值得借鉴。）、福利支出的1/2、学校基建支出的1/3到1/2，免费提供教科书，并对困难学生进行补助；都道府县政府（相当于我国的省级政府）负责义务教育教师工资和福利支出的1/2；市町村政府负责所辖义务教育学校的运营费（相当于我国的公用经费）以及基建支出的1/3到1/2。美国法律规定，教育主要是州和地方政府的责任。中小学主要由学区负责，高等教育主要由州政府负责。同时按照财权与事权统一的原则，各级政府法定的支出责任应与法定的财力和上级政府的转移支付相一致。
第四，加大中央和省级政府对下级政府的义务教育财政转移支付力度，这是当前缓解当前“三级办学、两级管理”体制下地区之间义务教育发展不平衡、经费不充足的切实有效的手段。根据统计，目前在农村地区，农村教育费附加是农村教育经费的最主要来源，1999年通过该渠道获得的教育经费已经达到126.1亿元。由于教育费附加的专用性，农村税费改革之后取消这项收费无疑会给农村教育融资带来严峻的挑战。因此在当前的农村税费改革背景下，政府间转移支付尤其重要。对于这一方法，下面将详细讨论。
政府间转移支付包括上下级政府之间和同级政府之间的转移支付，其目的在于解决财政纵横向的不平衡问题。其中，纵向不平衡是指上下级政府之间同时出现一个有财政赤字一个有财政盈余的情况；而横向不平衡则是指在同一级政府之间，有的出现财政赤字有的则是财政盈余的情况。财政转移支付制度一般分为一般性转移支付和专项转移支付两类。前者也叫做不指定用途的转移支付，不规定使用方向，也没有附加条件；后者则有附加条件，用于特定的项目，对资金的使用有明确的规定，因此具有很强的政策性。在我国，一般性教育财政转移支付包括税收返还和过渡时期转移支付两部分。前者由于保持了原有的利益格局，因此对

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