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制度演化分析将分析焦点锁定在“制度的演化过程及其分岔”这一视角，有两个理论企图：一是将主流经济学关于制度的机械主义思维，通过转向生物演化思维和系统思维，拉回现实世界，即从新古典“结果收敛均衡的制度观”向“过程演化分岔的制度观”转换；二是试图通过对制度演化过程的“系统相关性”考察，来探索制度演化的内部逻辑。制度演化分析更加致力于寻求新古典经济学关于动态制度变迁源自“个人理性和收益最大化”这一动力学因素之外的其他原因。而后者在更大程度上可能将知识的传播与扩散、信息空间和通道、个人心智、群体认知模式、学习能力，以及文化素质、伦理道德、价值观和信仰等因素纳入对制度演化的动力学分析。但这一视角的分析严格的依赖于一种值得信赖和令人信服的关于人脑和认知进化的知识理论。庆幸的是，这一理论在最近的研究（哈伊姆•奥菲克，2000）中获得了重大的突破。哈伊姆•奥菲克通过考察人类进化区别于其他物质的“非自然选择”特征，重新提出了华莱士关于人类进化“独立证明”的观点。他在《第二天性》这部极具启发性和开创性的生物学著作中，对人脑进化的经济起源做了探索。认为人脑由于“人”区别于其他物种的交换倾向，导致了脑部的（相比于其他物种）迅速进化，而这种脑进化在直接功能性适应方面对“人”的进化地影响甚至超过遗传基因的作用。而这一理论提供了我们考察制度演化的认知理论，也将我们的视角从早期达尔文主义基于单纬度自然选择原则的“无意识演化”引向了存在独立证明（自然选择之外的人脑进化）后的“有意识演化”。这一点，我们将在后面的章节中具体讨论。此外一个非常重要的问题是，制度演化中人的理性参与所基于的知识是一种特定的储存、传播和交流的信息形态（它是人脑对所有可感知的原始信息材料加工处理的产品，在经过交流、传播和扩散中形成的）。这一信息形态和人脑对原始信息处理、加工所形成的认知并不直接等同。即知识和个人认知之间存在一种极其重要的媒介，它就是语言我们的制度演化分析从根本上不应当回避这个问题。
基于制度理论分析的科学性，制度分析的探索就必须从完全实在的制度规范的内容和现象中探索其范畴和逻辑。它不应当受到任何政府当局的动机和意图的影响，或者受到制度支配的个人关于制度形成与演化的愿望和利益的影响，除非这些动机和意图，这些愿望和利益体现在制度形成和演化所依赖的材料、信息或者知识之中。我认为，在实在的制度现象和制度演化过程的内容中所无法找到的东西就不应当被吸收和引入制度规范的概念和范畴中。制度演化分析也正是在这一思维的前提下，从实在的制度结构来分析实在制度及其演化逻辑的。由于制度分析对象的特殊性，制度演化分析必然的要通过经济效率和心理接受以及适应性来解释制度的条件，并无法避免从道德和政治上对制度的目的进行评价。但这一分析主要集中于对制度与效率的分析。
从实在的制度现象出发，基于复杂系统理论对于信息缺损引致的不确定性和系统不稳定假设，制度演化分析将社会看作一个系统，并以系统演化类比制度演化的过程。他们反对把制度看作一种超验主义和绝对理性的产物。相反，制度演化分析将制度看作一种人类行为的产物，但制度的产生并没有新古典说得那样是个纯粹理性的产物。在一定程度上，制度表现为特定时空纬度上的、对行为具有约束作用的规则结构。演化分析将制度本身视为一种过程，它主张社会从混沌走向有序的过程本身就是制度演化。但在否定了完全理性和完备信息以及最优均衡等假设后，演化分析发现制度演化在不确定性条件下，很难出现一种特定的、不反复的、线性连续的演进逻辑，而往往会出现制度分岔。并且，在人类的认知能力无法处理引致不确定性的所有信息（或者信息缺损）条件下，制度演化中的分岔就是不可避免的。换言之，我们试图通过理性设计来锁定制度演化之路径和方向的企图可能是一种极大的冒险。此外，制度演化分析对制度过程的考察证明，类似文化、价值观和信仰等软要素，都是影响制度变迁的重要信息材料，（从系统论的角度描述）也是维系或扰动系统稳定性的重要动力学因子。演化分析将通过对此类“软要素”的考察，揭示制度演化中的分岔现象。即从不确定性和系统演化的分岔和耗散来看，制度演化很难稳定的收敛于某种单一的稳定制度均衡状态，相反，一种多元的制度存在总是难以避免的。制度演化分析所考察的从个人习惯到群体习俗，从惯例到制度的演化正是对制度演化过程的系统考察，实际上是在一个博弈论框架内分别讨论了个体群层次上可观察到的典型的规律性（regularity），即频率－依赖效应以及个体层次上的另一种典型规律性——选择过程和占据效应。这一分析直观的再现了制度演进中各种因素扰动可能引发的制度结果及其经济后果。
制度演化中的线性变迁的一种特例就是路径依赖。对于导致路径依赖的动力学解释，在新制度经济学既有的探索上，有待进一步发掘新的扰动因素。尽管以往从技术和文化角度的解释某种程度上解释了路径依赖的产生，但对导致路径依赖的主观动因考察不够深入，我们认为在这方面有待做出新的探索。
总体而言，制度演化逻辑并不像人们对“逻辑”一词的理解那样是个纯粹线性连续的过程，相反它表现了一种“混乱中的有序”和“非均衡的稳定”。“逻辑”一词的使用只能说明我们在智力所及的范围内对制度演化脉象的一种把握和认知，而不是指一种完全可控的完美理性的认知状态。