委托代理关系加上学校依赖政府的财政资金，较好的维护了政府在学校的利益。校长在学校的运行中主要依靠教职工，在目前的薪酬制度下校长本人的收入与教职工收入直接相关，在校长的任免过程中，政府有时会征询教职工的意见，因此教职工在一定程度上制约了校长的权力，校长的利益与教职工密切相关。校长为了自身的利益，必然会自觉维护教职工的利益。当然，在政府的利益与教职工的利益发生冲突时，校长会根据自身利益的最大化进行权衡取舍。与政府和教职工不同，学生及家长的利益在学校的治理结构中没有保护机制。
学生及家长与公立学校的关系从本原意义上是纳税人与政府的关系，在法律和现实中是公共服务消费者与公共服务生产者之间的关系。在中小学阶段，作为公共服务消费者的学生及家长，在接受公立学校的教育服务时，只能到政府指定的学校去，没有选择余地，公立学校事实上是特定行政区域内生产公共教育服务的垄断者。虽然学生及家长可以选择到民办学校或区域外的公立学校就学，但要付出很大的代价。在公立学校的治理结构中，学生及家长对校长的任免、教职工的聘用和薪酬没有影响，在学校的决策中没有发言权。面对居于垄断地位且无法对其施加影响的学校，学生及家长的利益自然难以得到保障。 
具体到学校收乱费久禁不止，最重要的原因有两个，一是举办学校的政府实际不想禁止，二是决定学校收费的治理结构不当。教育法规定，学校要“遵照国家有关规定收取费用并公开收费项目”。学校乱收费，包括两个方面的问题，一是学校收取了国家（政府）没有规定且学生及家长不愿意交纳的费用，二是超过国家规定的标准收费。其中第一方面的问题更为普遍和严重。
举办学校的政府实际上不想禁止乱收费，是因为该级政府没有为学校提供必要的资金，如果真要禁止乱收费，一些学校就无法维持正常的运转，这是政府不愿意看到的。因此学校乱收费在很大程度上是政府默认的。西安音乐学院向2004年录取的每一新生收取3万元的“捐款”，就是典型事例。西安音乐学院院长为收费辩解道：“现在一直要求学校扩招，但经费一点也不增加，你说这个学校应该怎么办？”，“除了教职员工的工资外，每年陕西省给西安音乐学院的经费是300万元。”该院的一位副院长指出，政府300万元的拨款只够半年的水电费。不算基建投入, 学院每年最少需要8000万元才能过日子[5]。中小学这种情况更为普遍。虽然中央政府年年发出制止学校乱收费的文件，地方政府也以发文件的形式执行中央政府的文件，但这在很大程度上是应付舆论和公众的一种姿态，属于格斯顿所分析的“象征性公共政策”[6]。即使上级政府采取行动查处学校乱收费，也往往由教育行政部门主导，而教育部门对学校乱收费承担领导责任，查学校乱收费相当于查自己，当然不愿意查，也不会有很大效果。
决定学校收费的治理结构不当，是指长期以来学校做出除国家规定以外的收费决策，或者提高国家规定的收费标准时，学生及家长没有知情权和决策权。教育法等有关法律对学校收取国家规定以外的费用如何决策没有明确的规定，现实中普遍由校长决策。在学生及家长对其没有制约能力的情况下，校长为了学校运转和教职工及个人的利益，自然倾向多收费。如果在学校的治理结构中安排学生及家长的权利保障机制，比如在学校（不是政府）做出涉及包括向学生收费等与学生利益相关的事项的决策时，必须征得学生或家长的同意，结果将会大大不同。学生及家长评估收费决策时，会比较收费的成本和利益，做出有利于自己的选择。如果学生及家长觉得某些项目值得交费，将会同意学校收费。由学生及家长同意的收费，就不能看成是乱收费。这样，学校收费只有两类，一类是国家规定的收费，一类是学生及家长同意的收费，乱收费就在源头上得到了制止。因此，治理学校乱收费的治本之策是学校治理结构的改革。美国、加拿大、英国、澳大利亚等国的公立学校改革中，通过学校治理结构的调整，建立家长有很大决策权的学校管理委员会（School Council）作为学校的最高决策机构，据此保护学生及家长的利益，已经取得了显著效果[7]。
总之，我国长期存在的一些教育财政问题不能仅仅从经济学或管理学角度去解释，用公共选择、政府和学校治理的政治经济学去分析可能会得到更好的理解和解释。

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