高、规模大的企业，而合作制更普遍的存在于劳动密集型的第三产业、农业、手工业。因为，社会化大生产的发展趋势需要一种足以承担大型项目如开发运河、修筑铁路、高新技术、金融业的组织形式，股份制巨大的动员和凝聚社会财富的功能为大企业、跨国公司形成了胜任的微观基础。
合作制在农业领域的作用是其他任何企业制度无法替代的。由于农业布局上的广延性、时间上的季节性、种植上的灵活性、对自然条件的依赖性、再生产周期长等特点，选择了家庭经营。同时产生了信息不畅，运输成本高，供给弹性小和家庭经营的规模不经济、组织化程度低、服务功能差，就使农业难于战胜自然和市场风险。而合作社这种组织形式恰恰一方面适应了农业对家庭经营的选择，另一方面，又克服了家庭经营的局限性，实现了千家万户分散的小生产和大市场的对接，实现了农业生产组织的社会化和管理的民主化、科学化。
从手工业生产看，如制革、酿酒、维修、家俱制造等行业，都有很强的手工技艺性，很严格的原料选择要求。不可能由社会化大生产方式完全替代，甚至需要维持较小的生产规模，以保证技术的完整，产品的质量和特色。合作社的组织形式就能满足手工业生产者对原材料采购和产品销售等方面的需要。
（九）组织体系不同
股份制内部是股东大会、董事会、经理，合作制是理事会和监事会、社员代表大会，反映了二者企业性质的差别。合作社因为是以地缘、亲缘关系结合起来的组织，有利于为自身服务，但基层功能十分有限。因此，合作社自愿的自下而上的联合就是世界合作社约定俗成的联合形式。股份制的联合则是多维的，可以平行联合也可以纵向联合。
（十）开放程度不同
股份制可以自由入股和自愿转让，即用“脚”投票转让股权。合作制是入社自愿和退社自由。一方面反映了合作社社员的自主性和选择性，另一方面又不利于合作社的资本规模的稳定和规模的扩大，这是因为合作社并不是社员利润的唯一源泉，合作社是独立经济主体间的不完全联合。
（十一）社会功能不同
股份制产生两极分化，合作制扶持弱者，缓解两极分化的矛盾。股份制具有完全的经济功能，合作社既是经济组织，又是社会团体，既有经济功能，又有社会功能。股份制企业是发展-盈利-回报，运行的结果是股东的富有或是破产，使两极分化严重。一方面，合作制作为经济组织对外追求利益最大化，对内讲共同富裕、互助合作、扶贫解困。美国学者艾德温•诺斯认为，合作制是抑制资本中阴暗面的手段，它抑制资本主义过分强调竞争，追逐利润，有利于实现社会正义和公平分配。因此，合作社越发展，两极分化越减少。从这个意义上讲，合作制比任何社会慈善救济，财政转移支付都要见效，在我国尤其有很大的发展潜力和紧迫性。另一方面，合作社的社会团体功能，开辟了弱势群体与政府和社会通话的表达呼声的通道，对社员有社会管理、思想、文化、科学的教育功能。这使合作社成为有特色的经济组织。因此，合作社具有稳定社会秩序，避免社会矛盾的作用，各国政府都支持合作社。
（十二）文化意义不同
股份制是强者的联合，强者根据市场情况，确定企业经营目标，制定企业精神和企业文化。合作制是弱者的联合，弱者的经济地位决定了他们的文化、技能、道德以及自强、自立的精神，需要不断的培养与提高。因此，早在1915年，欧文主义者加拿大合作运动创始人，乔治•基恩就说：“合作制的目的是提高个人的道德水准。合作社是有史以来最伟大的道德运动，它促进了自尊和互敬，发展了独立性，它使人们学会相互依靠，它坚信，最高形式的幸福是为了所有人的利益而牺牲个人的利益。”
1995年国际合作社联盟一百周年大会确定的合作社价值，再次重申了合作社的文化意义，即“自助、民主、平等、公平和团结，合作社社员信奉诚实、公开、社会责任和关心他人的道德价值观。”合作社领导不仅是企业家还应该是社会活动家，还应该是为人典范的道德楷模。因此，人们又称合作事业是“奉献者的事业”。
股份制和合作制没有优劣之分，各有其产生和发展的经济基础和人群基础，比较的目的是认识两者的本质差别，根据本企业的具体情况进行选择。需要强调的是规范的股份制和合作制的施行还要具备很多外部条件，如法制环境、政府职能、人们的道德水准，有些改制的失败，就源于外部条件的制约。因此，改善外部条件也是企业改制成功的关键因素。