有审查起诉和法庭审判两道关口对侦查终结后的处理作出评判。而撤销的案件，如果没有相应的审查或监督机制的话，则无法对其进行救济且会损害被害人要求追诉的利益。因而，侦查终结的监督机制实质上是针对撤销案件这种情形而言的。
我们认为，撤销案件的监督权在我国现阶段体制下应当由检察机关行使，待条件成熟则应由法院行使。侦查终结后，如果侦查机关认为是应当撤销的案件（包括三种情形：无罪撤案；罪不当罚的撤案；疑案撤案），那么应当在制作了撤案意见书后，申请检察机关法律监督部门批准，同时应当通知犯罪嫌疑人及其律师、被害人及其律师可以向检察机关法律监督部门提出意见。检察机关法律监督部门在作出决定时应当听取包括侦查机关、犯罪嫌疑人、被害人在内的三方意见，经审查后既可以作出撤销案件的决定，也可以指令侦查机关继续侦查。对于准予撤案的决定，如果犯罪嫌疑人对撤案的理由不服（如犯罪嫌疑人认为自己根本就没有犯罪，而侦查机关以罪不当罚的名义撤案等情形）或者被害人认为应当追究犯罪嫌疑人的刑事责任而侦查机关和侦查监督机关却作出撤案的决定时，这种情况下就应当赋予犯罪嫌疑人和被害人向上级检察机关的申诉权，上级检察机关有权改变或维持下级检察机关的决定。如果侦查机关对检察机关继续侦查的指令不服，则可以要求复议，如果意见仍不能被接受，则可以向上级检察机关提请复核。
此外，我们应当注意，撤销的案件不适用一事不再理原则，如果有新的证据，侦查程序就可以再次启动。同时，为了避免侦查机关再次启动侦查程序的随意性，我们认为这时的侦查启动权应当由检察机关法律监督部门审查之后，在有新的证据证明有犯罪事实的情况下才应批准侦查机关（部门）立案侦查。
（五）补充侦查
在大陆法系职权主义刑事诉讼中，由于实行“单轨制”侦查，强调国家侦查机关对侦查权的专属性并排斥被追述者一方的自行侦查行为，因而其往往都通过侦查终结制度来限制侦查权的行使，同时对侦查终结后的补充侦查进行了严格的限制。在日本，侦查终结后，原则上不能再进行侦查，确有补充侦查的必要时，一般情况下只能进行任意性侦查，强制性侦查的进行则只能在第一次审判日之前。
而我国刑事诉讼法对补充侦查的规定是比较宽松的。《刑事诉讼法》第68条、140条和165条分别规定了三种补充侦查，即审查批捕阶段的补充侦查、审查起诉阶段的补充侦查和法庭审理阶段的补充侦查。因此，我国的补充侦查是贯穿于刑事诉讼全过程的。其中，与侦查终结制度有密切联系的是审查起诉阶段的补充侦查和法庭审理阶段的补充侦查，理由很简单，两者都发生在侦查终结制度之后。从设立补充侦查的立法意图来看，补充侦查仅是一种例外情况，其目的之一是为了使案件事实清楚，证据确实、充分。但在实践中补充侦查却成了一种常态，使侦查终结制度丧失了其应有的意义，导致终而不结。
根据刑事诉讼法的规定，补充侦查应在一个月以内完毕，补充侦查以二次为限。这就存在以下问题。第一，不分案件的简繁而统一将补侦期限规定为一个月使得其缺乏针对性和现实操作性；第二，以二次为限，究竟是具体的某一阶段的次数还是审查批捕、审查起诉和法庭审理三种情况下的补侦总次数，对此法典没有予以明确；第三，对于补充侦查时所准予采取的侦查手段没有予以具体明确，就可能导致强制性侦查手段的重复使用。
笔者认为，为了实现侦查终结制度应有之目的和意义，应对我国现行的补充侦查制度进行相应调整和改革。第一，应根据案件的简繁，对补侦的期限进行具体规定，案件主要事实清楚，主要证据确实、充分的补侦期限为十五日；案件复杂的则为一个月。第二，补充侦查以二次为限应为三种情况下补侦的总次数；第三，应严格限制补侦时的侦查手段。原则上只能采取任意侦查手段，不得进行强制性侦查；例外情况下进行强制性侦查时，也只能采取强制性相对较轻的手段。