的二年时效期间。如海员劳务合同纠纷、船舶建造合同纠纷、以船舶作抵押的借款合同纠纷、海洋开发利用纠纷等案件，其诉讼时效即为《民法通则》所规定的二年。
（二）起算时间不同。民事诉讼时效的起算时间，从权利人知道或应当知道其权利被侵害时起计算，而海事诉讼时效的起算时间则较为复杂，一般情况下是从权利人知道或应该知道其权利被侵害之日起计算，但对提单货物运输纠纷、海上旅客运输中的人身伤亡和行李灭失请求权、船舶碰撞请求权、海难救助请求权、共同海损分摊请求权、海上保险赔偿请求权、船舶油污损害请求权等，则应根据不同情况分别进行计算。对此不同的起算方法，我国《海商法》和相关行政法规都作了明确规定，对此本文第二部分已作了说明。
（三）有否20年时效的规定不尽相同。在民事诉讼时效中，有最长时效20年的规定，即权利人不知道或不应该知道其权利被侵害，则从权利被侵害之日起20年之内，都享有起诉权和胜诉权。在海事诉讼中，是否有20年诉讼时效的规定，学者们有不同看法。笔者主张，海事诉讼中也有20年时效的规定，但20年时效期间只适用于那些“自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算”的海事请求权纠纷，即适用于航次租船合同请求权、船舶租用合同请求权、海上拖航合同请求权等纠纷，且前提条件是权利人客观上不知道或不应当知道其权利被侵害。对于其他的海事请求权纠纷，如提单货物运输纠纷、海上旅客运输中的人身伤亡和行李灭失请求权、船舶碰撞请求权、海难救助请求权、共同海损分摊请求权、海上保险赔偿请求权、船舶油污损害请求权等纠纷，则不存在20年的时效问题，因此等请求权不存在“不知道权利被侵害”的可能性。
（四）时效中断原因有异。这是两者最显性的区别，也是许多未经海商法训练的律师经常混淆、并在法庭上指鹿为马大闹笑话的问题。《民法通则》及其相关司法解释规定，民事诉讼时效因三种原因而中断，即权利人提起诉讼或仲裁，权利人向义务人或其保证人、代理人、财产代管人提出权利要求，义务人同意履行义务。这就意味着：1、权利人提起诉讼或仲裁后又撤回起诉或仲裁的，民事诉讼时效中断，时效期间重新计算。2、只要权利人在时效期间内向义务人主张了权利，不论义务人是否同意履行义务，民事诉讼时效都中断。3、义务人在时效期间内同意履行义务的，民事诉讼时效中断。而海事诉讼时效的中断法律有更严格的规定，即仅在以下三种情况下中断：1、海事请求权人提起诉讼或提交仲裁而中断时效，但撤回起诉、撤回仲裁或起诉被裁定驳回的，时效不中断。2、海事请求权人向义务人提出权利要求，且义务人同意履行义务的，时效中断；仅有请求权人的权利要求，而义务人不同意履行义务的，时效不中断。3、海事请求权人诉前申请扣船的，时效自申请扣船之日起中断，但是，扣船后未起诉，申请人又申请撤销扣船，且经海事法院同意的，时效不中断。可见，海事诉讼时效中断要比民事诉讼时效中断严格得多，这是因为海事争议较普通民事纠纷更复杂，涉及的金额更大，为稳定社会经济秩序，促进海上运输业规范发展，需要尽快明确和了结当事人之间的权利义务关系。从海事诉讼时效期间大多在二年以下也可以看出，海事法律比《民法通则》更着重于督促权利人及时行使权利。
（五）可否延长的规定不同。《民法通则》第137条规定：“有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间”，那么，海事法院是否也可以在特殊情况下延长海事诉讼时效期间呢？笔者对此持否定态度，理由是：时效期间的延长只适用于20年时效，其他时效已有中止、中断的规定，不发生时效延长问题；20年的时效期间须在特殊情况下才能延长，此特殊情况是与当事人无关的客观情况，且导致时效中止的原因“不可抗力或者其他障碍”不是导致时效延长的特殊情况，因为这种“不可抗力或者其他障碍”不可能延续20年不间断地阻止当事人行使诉讼请求权；能20年不间断地阻止当事人行使请求权的，只有国家民族分裂的情况，《民法通则》第137条所规定的时效延长，实际上仅能适用于回归后的台湾地区[1]。而对于海事诉讼案件，即便是台湾地区的当事人，也可以随时到大陆提起诉讼，不受目前两岸状况的影响。且海事案件的特殊性决定了当事人有较大的诉讼管辖选择权（Forum Shopping），可以通过扣船地的选择等方式，取得在其他国家或地区进行诉讼的权利。故在海事诉讼中，不存在《民法通则》第137条所规定的延长诉讼时效的“特殊情况”，海事法院无权决定延长海事诉讼时效。