通过法定程序收集的证据与之有本质的区别。如果因为管辖变更而否认通过合法程序收集的证据效力，那么法院可能一个案子也判不了（这我们将在后面论述）。如前所述，职能管辖的划分是司法机关内部大致分工，证据的合法性不是指这一问题；（2）、收集证据的程序或方法不合法，如通过刑讯逼供、非法搜查、侦查陷阱等方法取得的证据。我国刑诉法禁止刑讯逼供，因而使用刑讯手段提取的被告人口供就不具有这种证据的合法性；（3）、收集的证据种类或来源不符合法律的规定[2]。其次，非法收集的证据并不都是非法的。我国刑诉法第43条规定：“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。严禁讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据。”这一规定没有规定非法取得证据的效力问题。最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第61条规定：“严禁以非法的方法收集证据。凡经查证确实属于采用刑讯逼供或者威胁、引诱、欺骗等非法的方法取得的证人证言、被害人陈述、被告人供述，不能作为定案的根据”。最高人民检察院颁布的《人民检察院刑事诉讼规则》第265条也规定：“严禁以非法的方法收集证据。以刑讯逼供或者威胁、引诱、欺骗等非法的方法收集的犯罪嫌疑人供述、被害人陈述、证人证言，不能作为指控犯罪的根据”。上述规定实际上是以证据分类来确定非法证据的效力。对于非法取得的言词证据不得作为证据使用，而对于非法取得的实物证据，法律则赋予审判人员较大的自由裁量权，它们有可能作为证据使用。而在国外，尽管多数国家的立法中都设有非法证据排除规则，然而规则的具体内容、排除的范围却互有不同。由于非法证据之“非法”存在性质和程度的不同，各国立法中很少一概排除。第三，证据是否合法、有效，在未经法庭审判前，它只是一种可能的证据。我国刑诉法第47条明确规定，“证人证言必须在法庭上经过公诉人、被害人和被告人、辩护人双方询问、质证，听取各方证人的证言并且经过查实以后，才能作为定案的根据”。最高人民法院在《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第58条进一步明确规定：“证据必须经过当庭出示、辨认、质证等法庭调查程序查证属实，否则不能作为定案的根据”。最高人民检察院在《人民检察院刑事诉讼规则》第346条也相应作出规定：“人民法院根据律师申请收集、调取的证据或者合议庭休庭后自行调查取得的证据，必须经过庭审辨认、质证才能决定是否作为判决的依据”。
剖析之三：法院对检察院提起公诉的案件不予受理的理由，不仅在现有法律上没有根据，而且在逻辑上将陷入悖论
1、于法无据。法院对提起公诉的案件因其认为违反职能管辖的规定而作退案处理的依据是《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第117条第（一）项“对于不属于本院管辖或者被告人不在案的，应当决定退回人民检察院”和第（五）项“对于符合刑事诉讼法第十五条（二）至（六）项规定的情形的，应当裁定终止审理或者决定不予受理”的规定。但是，这里的“管辖”不是指职能管辖而是指审判管辖，并没有规定因职能管辖不对而决定退回人民检察院。而决定“不予受理”也不是指职能管辖不对或者所收集的证据无效，而是指法定不追究刑事责任情形。2、将陷入悖论。这主要表现在以下几个方面：（1）假如公安机关对某职务侵占案立案侦查，侦查终结后移送检察机关审查起诉，而检察机关经审查认为属贪污罪，于是变更管辖，由检察院自侦部门立案侦查后，再由检察院向法院提起公诉，法院经过庭前初查后认为是职务侵占案，于是再度变更管辖。而检察机关以法院所要求的罪名向法院提起公诉，法院经开庭审理后认为应该是贪污罪，这时该怎么办？是否还要退回检察院，再由检察机关自侦部门立案侦查？（2）假如检察机关以贪污罪向法院提起公诉，法院经过开庭审理后以贪污罪作出一审判决。但在二审程序中，上级法院经过审理认为应当定职务侵占罪，那么法院是否仍认为管辖范围不对，侦查主体不合法，收集的证据无效，决定将案件退回检察院，再交公安机关立案侦查？（3）假如检察机关以贪污罪向法院提起公诉，经过一、二审程序，法院以贪污罪作出终审判决，然而在审判监督程序中，法院经过审查认为应当定职务侵占罪，这时是否以前收集的证据统统无效，仍需变更管辖，将案件退回检察机关，交公安机关重新立案、侦查？显然，对于这些问题，无论怎样回答，都将陷入悖论。不难想象，如果按照法院对其认为需要变更管辖而决定不予受理（退回）检察机关提起公诉案件的理由的逻辑来推理，那么法院到头来可能一个案子也判不了。另外，法院的这种处理方法也有可能使一个“错误”，增加为两个错误，从而增加了犯错误的概率。侦查机关根据职能管辖的规定，对某一案件立案、侦查，侦查终结后移送检察院的审查起诉部门审查起诉。在这一诉讼过程中，侦查机关、起诉部门对案件性质的认定是基于侦查权、起诉权而进行的认定。但这种认定是相对的，并非是绝对的。他们的认定可能是错误的，这是一个“错误”。但是，这个“错误”是法律所允许的，它可以通过法院的实体审判得到纠正。换言之，公安机关、人民检察院在立案侦查、审查起诉阶段，根据查明的事实和证据有权对犯罪嫌疑人作出有罪的认定，并依法作出侦查终结、提起公诉的程序性决定，但这只是程序意义上的认定，而不是最终的法律定性。而现在法院却未经实体审判就认定检察机关提起公诉案件起诉的罪名不对，需要变更管辖，因此将案件退回检察机关。这实际上是将检察机关的认定看作是绝对的，从而陷入“未审先定”的有罪推定论。这是一个错误。因为，依据刑诉法第150条的规定，对于公诉案件，法院在庭审前只能进行程序要件的审查，而不能预先对案件进行实体审理。再者，如果检察机关以管辖变更后的罪名向法院提起公诉，而法院经开庭审理后，认为检察机关指控的罪名是不对，那么这说明原先变更管辖和起诉的罪名是错误的。这是第二个错误。这样也就增加了犯错误的概率。不过，前一个错误与后两个错误有本质区别。
剖析之四：法院的这种处理方法也将导致有关的法律冲突，并且与有关的法治原则相违背，不符合法治发展趋势
1、必然导致法律冲突。（1）与《中华人民共和国国家赔偿法》的冲突。按照国家赔偿法的规定，对错捕、错判的，国家都将承担赔偿责任。对于因职能管辖可能错误的案件，如果按照案件本身的性质来看，可能并不需要赔偿。但是，现在法院将这类案件退回检察机关，这将使赔偿发生。这将严重损害国家法治的权威。因为这类赔偿本身可以避免。（2）与刑诉法及相关的司法解释相冲突。我国刑诉法第162条规定：“案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决”。从该条款的立法意图可以看出，只要查清了犯罪事实，证据确实、充分，法院可以变更起诉指控的罪名作出有罪判决。最高人民法院在《关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第176条第（二）项进一步规定：“起诉指控的事实清楚，证据确实、充分，指控的罪名与人民法院审理认定的罪名不一致的，应当作出有罪判决”。这一司法解释明确指出法院有权也有义务变更起诉指控的罪名。在司法实践中，各级人民法院正是据此行使着变更指控罪名的权力，而不受公诉机关指控罪名的限制。在查清事实、证据的基础上，根据刑法规定的罪刑法定原则和罪刑相适应原则，确定相应的罪名和刑罚。但

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