（１９９１年）施行之后，国内经济合同争议仲裁才实行协议仲裁制度。《民事诉讼法》第２１７条和修改的《经济合同法》（１９９３年）第４２条以及《仲裁法》（１９９４年）第４条、第２１条第１款和第５８条第１款的规定均明确肯定了该项制度的实行，使我国内外仲裁均统一适用了协议仲裁制度。
　　三、协议管辖制度的确立
　　
　　由于协议仲裁已成为仲裁制度的一项基本制度，因此，凡实行协议仲裁制度的国家均同时实行协议管辖制度，此项制度的实行是由合同当事方在仲裁协议中指定管辖和审理该合同纠纷的仲裁机构和仲裁员，即仲裁机构对某一合同纠纷的管辖和审理权产生于合同当事人的授权。
　　
　　仲裁中的协议管辖与诉讼中协议管辖虽然都为国际上普遍承认，两者均赋予当事人自由选择解决纠纷的机构的权利。但选择的自由度有明显区别，当事人在协议选择管辖法院时，受法律规定的某些条件的严格限制，如须以书面表示；不得协议选择上诉法院；对合同争议案件，只能协议选择与该合同有密切联系的地点的法院等。我国《民事诉讼法》第２４４条同样对诉讼中的协议管辖作了限制性规定，即涉外经济纠纷的当事人可以协议选择管辖法院，但必须符合以下三项要求：（１）协议选择管辖法院必须以书面形式作成；（２）选择的法院必须是与争议有实际联系的地点的法院；（３）选择我国法院的，不得违反我国法律关于级别管辖和专属管辖的规定。但合同当事人在选择仲裁机构时，除须以书面表示外，不受以上其他条件的限制，这是由于仲裁自身的特点所决定的。
　　
　　从我国仲裁的管辖制度看，曾一度实行地域管辖、级别管辖、指定管辖和移送管辖相结合，而以地域管辖为主的制度。在这项制度下，当事人无权选择仲裁机关和仲裁员，仲裁机关也无权受理不属于自己管辖范围内的案件。仲裁机关受理案件的权利由国家法律硬性规定。根据《中华人民共和国经济合同仲裁条例》的规定，各仲裁机关对案件的管辖主要是根据地域管辖和级别管辖来划分的。前者是确定同级仲裁机关对案件的管辖权，它是根据仲裁机关的管辖区域、当事人的住所和纠纷的主要发生地来划分的；而后者则是确定上下级仲裁机关对案件的管辖权，它主要是根据案件的社会影响和争议金额多少来划分的。因此，在一般情况下，经济合同纠纷案件由合同履行地或签订地的仲裁机关管辖，在执行中有困难的也可以由被诉方所在地的仲裁机关管辖。由于实行地域管辖和级别管辖制度无法体现当事人的意思自治，使仲裁的特点与优势得不到发挥，因此，它不受当事人的欢迎。
　　
　　随着协议仲裁制度的实行，我国《仲裁法》明确了协议管辖制度。《仲裁法》第６条规定：“仲裁委员会应由当事人协议选定”。“仲裁不实行级别管辖和地域管辖”。根据这一规定和《仲裁法》的其他有关规定，可以从以下三方面来理解：第一，仲裁机关对纠纷案件的管辖权来自当事人的协议，只有被当事人在协议中指定的仲裁机关才对该案有管辖权；第二，否定级别管辖和地域管辖的实行，即明确指出我国原来实行的地域管辖和级别管辖制度已由协议管辖制度所取代；第三，仲裁员对纠纷案件的审理和裁决权来自当事人的协议，非当事人选定或委托指定的仲裁员无权审理和裁决有关案件。
　　
　　协议管辖制度的确立有助于意思自治原则在仲裁中的贯彻和协议仲裁制度的实行。意思自治原则能否在仲裁中得以贯彻，很大程度上取决于协议仲裁制度和协议管辖制度的实行，只有全面实行这两项制度，意思自治原则才能在仲裁中得到具体体现。
　　四、民间性仲裁机构的设置
　　
　　仲裁机构的设置是仲裁制度的组织性制度，仲裁机构是执行仲裁制度和实现仲裁任务的组织保证，正确确定仲裁机构的性质，设置反映仲裁特点的民间性仲裁机构，是公正解决纠纷，提高仲裁质量，完善仲裁制度的一个至关重要的问题。
　　
　　仲裁机构从广义的角度讲，包括仲裁管理机构和仲裁裁决机构，从狭义的角度讲，它仅指后者。前者包括常设的仲裁委员会、仲裁协会和临时组成的仲裁庭，它们是对仲裁日常事务、仲裁人员、仲裁工作进行管理、协调和组织的机构；而后者仅指临时组成的仲裁庭，它是唯一有权对当事人提交仲裁的争议进行审理和裁决的机构。仲裁机构的管理权直接渊源于仲裁法律规范，它主要在仲裁机构系统内部起组织、管理和协调作用；而仲裁机构的裁决权不仅渊源于仲裁法律规范，而且基于当事人在仲裁协议中的授权，其作用是对当事人的有关纠纷通过裁决予以解决。这两种权力虽然作用不同，但两者有着密切的联系，仲裁管理权服务于仲裁裁决权，而仲裁裁决权以仲裁管理权为依托，没有仲裁委员会管理仲裁工作，就无法保证仲裁庭对当事人提交仲裁的争议及时、正确、有效地行使裁决权。
　　
　　纵观我国仲裁机构的设置和布局状况，其种类繁多，性质各异。涉外仲裁的仲裁机构是中国国际经济贸易仲裁委员会和中国海事仲裁委员会，它们均隶属于中国国际贸易促进委员会（中国国际商会），仲裁员由中国国际贸易促进委员会从对国际经济贸易、科学技术和法律等方面具有专门知识和实际经验的中外人士中聘任，是民间性仲裁机构；但国内仲裁的仲裁机构包括各级工商行政管理部门设立的经济合同仲裁委员会，省级以上（含国务院批准的较大的市、计划单列市和经济特区等）的科学技术行政管理部门设立的技术合同仲裁委员会，国家与地方各级房地产行政管理部门设立的房地产仲裁委员会和县级以上地方人民政府劳动行政部门设立的劳动争议仲裁委员会等。以上几种仲裁机构（除技术合同仲裁委员会外）均设置于各自的行政管理部门之下，并受其领导，业务上受上级仲裁委员会的指导和监督，仲裁员主要由各有关的行政管理人员兼任，当事人无权选择仲裁机关和仲裁员，其行政性质相当明显。从仲裁制度的本质看，它是民间性质的，因为，仲裁机构的仲裁权来源于争议双方当事人的意愿，即当事人的授权是仲裁权形成的前提，这就决定了仲裁机构的仲裁权有别于国家法律赋予有关机关行使的行政管理权，从而也就决定了行使仲裁权的机构的独立性与民间性，我国原有某些仲裁机构的行政性，与仲裁制度的本质属性相悖，仲裁的特点与作用因而未能在我国国内仲裁中得以发挥。
　　
　　针对这一现象，《仲裁法》对仲裁机构的设置进行了改革，首先，确定了仲裁管理权由社会团体法人中国仲裁协会行使，改变原来仲裁管理权由行政管理机关行使的做法。中国仲裁协会由仲裁员组成，仲裁委员会均为中国仲裁协会的会员，仲裁协会对仲裁委员会和仲裁员主要起协调作用。第二，仲裁委员会视需要而设。《仲裁法》第１０条规定：“仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设区的市设立，不按行政区划层层设立。”这一规定改变了原来仲裁机构按行政区划和行政管理隶属关系层层设置的做法。第三，确定了仲裁机构的独立性与民间性，根据《仲裁法》第１４条和第１３条的规定，仲裁委员会是独立于行政机关的机构，仲裁委员会之间也没有隶属关系，仲裁员从各行各业的专家、学者和专门技术人员中聘任，这就革除了以往仲裁机构受制于行政机关，行政管理人员任仲裁员的弊端。我国《仲裁法》确立了仲裁机构的民间性，体现了仲裁制度的本质。
　　五、或裁或审和一裁终局制度的适用
　　
　　或裁或审制度是指当事人有权选择仲裁或诉讼之一种方式解决纠纷的制度。在这种制度下，当事人如果选择仲裁解决纠纷，就必须在合同中订入仲裁条款或者在纠纷发生后订立仲裁协议将纠纷提交仲裁，仲裁机构受理案件的依据是仲裁协议。法院只受理没有仲裁协

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