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由于五大国际会计公司经常在为客户提供审计服务的同时为其提供咨询服务，批评人士认为这在很大程度上影响了会计师事务所的独立性。而在安然破产案发生后，这种质疑则有了事实上的支持———负责为安然审计的安达信承认，它曾销毁有关审计工作的文件，而其从安然收取的咨询等其他服务费甚至超过了审计费。据说中天勤在担任银广夏审计业务的同时，也是其财务顾问，注册会计师的独立性从来没有像今天这样受到国内外社会各界的广泛关注。
国际会计师联合会制订的《会计师职业道德守则》指出：“（注册会计师）从事报告任务时，应在实质上和形式上没有任何被认为影响独立、客观、公正的利益，无论这种利益的实际影响会怎样”。《中国注册会计师职业道德基本准则》也规定：“注册会计师执行审计或其他鉴证业务，应当保持形式上和实质上的独立”。
实质上的独立比较容易理解，而形式上的独立则是针对第三者而言的，即必须在第三者面前呈现出一种独立于客户的身份，在他人看来是独立的。因此这需要通过外界来评价，如果投资者或其他人士怀疑注册会计师或其所在的会计师事务所不能保持客观的立场并作出公正的判断，该会计师事务所就未能做到形式上的独立。也就是说应做到让外界特别是让投资者相信其独立性，如果外界人士怀疑独立性，那么即使保持了实质上的独立，还是不能达到使投资者相信上市公司会计报表的目的。所以《中国注册会计师职业道德基本准则》同时规定了“会计师事务如与客户存在可能损害独立性的利害关系，不得承接其委托的审计或其他鉴证业务”。
根据《独立审计具体准则第7号———审计报告》的规定：“审计报告应标明会计师事务所的地址”，但从立信长江会计师事务所为浦东金桥、物贸中心、宏盛科技以及东海股份（注：与下文新黄浦为相同签字注册会计师）等上市公司出具的审计报告中我们可以知道该所位于上海市南京东路61号新黄浦金融大厦四楼。而阅读新黄浦（600638）2001年报与其他公开披露的信息之后不难发现这幢“新黄浦金融大厦”正是该公司的“主要开发项目”，在存货项目中比重极大，并“采取以出租为主的政策”。而新黄浦恰巧也是由该所提供审计报务，但与前几份报告相比我们却发现：这份标准无保留意见审计报告中的地址却没有了“新黄浦金融大厦”的字样，不知该所是否也是因担心投资者或其他人士会对其独立性产生疑问而将其略去，而这种疑问往往对上市公司本身又是非常不利的。
国际会计师联合会担心：接受客户的服务可能会危及注册会计师独立性，所以《会计师职业道德守则》中要求在不优于普遍提供给其他人的商业条件之外，注册会计师不得接受客户的服务。而按照证监会制订的第6号《公开发行证券公司信息披露规范问答》的规定：上市公司需在年度报告中披露支付会计师事务所报酬，董事会还需对会计师事务所其他收费服务是否会影响注册会计师审计独立性发表意见。但如果二者存在除审计与咨询等服务关系外，还可能有着其他商业往来，以致理性观察者有理由对会计师事务所独立性产生怀疑，此时恐怕就不是简单地认为事务所员工不准炒股票就能保持独立性、提高注册会计师的职业道德水平了。笔者认为监管部门应要求会计师事务所与上市公司披露这些商业往来及相关参照物、独立董事则应对是否会影响审计独立性发表意见，而会计师事务所在承接业务后发现与上市公司存在可能损害其独立性的利害关系时更应主动解除业务约定，即使该项目年内收取的审计与咨询费可以达到200万元以上。
就像《会计师职业道德守则》中指出的那样：让注册会计师的服务对象知悉他们享受了符合职业道德要求的最高水平的服务，将能使公众对注册会计师和经审计的会计报表建立牢固的信任，这同样也符合全世界会计职业界的最大利益。在国内会计师事务所面临信誉危机的严峻关头更能塑立行业形象，建立注册会计师的信誉，向社会亮出真正具有公信力的审计意见。