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   基因改造中快速PCR定点突变方法应用      ★★★ 【字体: 】  
基因改造中快速PCR定点突变方法应用
收集整理:佚名    来源:本站整理  时间:2009-02-06 09:42:23   点击数:[]    

[本篇论文由上帝论文网为您收集整理,上帝论文网http://paper.5var.com将为您整理更多优秀的免费论文,谢谢您的支持]【关键词】  铜锌超氧化物歧化酶
  铜锌超氧化物歧化酶(Cu,Zn-SOD)因为可以消除O-  ・2而被广泛应用于延缓衰老和控制炎症,但是由于多种因素影响,尤其是Cu,Zn-SOD具有种质特异性以及在体内停留时间短(通常只有6~10min),使得Cu,Zn-SOD的应用受到很大限制。定点突变技术是改造、优化基因常用的手段,也是研究蛋白质结构和功能之间复杂关系的有效方法,在医学上还可用于基因治疗等。目前常用的定点突变方法有寡核苷酸引物介导的定点突变、重叠延伸PCR定点突变及盒式突变等〔1〕。但由于这些方法操作繁琐,意外突变多等缺陷,使定点突变的实验受到一定限制。本研究采用一种近年来新的定点突变技术―快速PCR定点突变方法成功地对hCu,Zn-SOD进行了基因改良(将hCu,Zn-SOD基因中非活性中心的Cys111密码子突变为Ala密码子,以提高其稳定性),同时对该定点突变技术要点进行探讨。

  1   材料

  11   菌株与质粒   E.coli DH5α,由本实验室保存。质粒pESOD(含hCu,Zn-SOD基因、Ampr基因以及EcoRI酶切位点,整个质粒约33kb)由本实验室构建,并转化于E.coli DH5α保存。

  12   主要试剂   Pfu高保真DNA聚合酶(深圳晶美生物工程有限公司);DpnI酶(河南华美生物工程有限公司);小量质粒快速抽提纯化试剂盒(上海博亚生物技术有限公司);DNA Marker,T4DNA连接酶,Eco RI等常规酶(上海Sangon公司)。

  13   pESOD质粒提取及鉴定   用质粒快速抽提纯化试剂盒从含pESOD质粒的E.coli DH5α转化菌里提取pESOD质粒,取部分质粒用EcoRI酶切后琼脂糖电泳鉴定,另取部分质粒送上海博亚生物技术有限公司测序。

  14   定点突变

  141   引物设计   根据hCu,Zn-SOD基因序列和定点突变的要求(将hCu,Zn-SOD中第111位Cys的密码子TGC突变为Ala密码子GCC)设计出一对包含突变位点的引物(正、反向)P1和P2,具体序列如下:P1:5′CTCTCAGGAGACCATGCCATCATTGGCCGCAC 3′;P2:5′GTGCGGCCAATGATGGCATGGTCTCCTGAGAG 3′。下划线的碱基为突变位置。所有引物均由上海博亚生物技术有限公司合成。

  142   PCR定点突变   整个反应体系为50μl,其中含无菌去离子水41μl,10×Pfu Polymerase Buffer(含Mg2+)5μl,20μmol/L P1、P2引物各1μl,pESOD质粒1μl(约100ng),Pfu DNA聚合酶1μl(5U);反应条件为:94℃预变性3min;然后94℃变性1min,65℃ 30s,72℃延伸7min,25个循环;最后72℃延伸7min,4℃保存。

  143   转化   用Dpn I限制性内切酶处理PCR反应产物,直接转化感受态的E.coli DH5α,涂布培养后随机挑3个菌落并提取相应质粒,由上海博亚生物技术育限公司测序,测序引物P3:5′ACTCAGGTACTGGGAGTG 3′。

  2   结果

  21   提取的质粒经EcoRI酶切后琼脂糖电泳   质粒大小为3300bp左右,证明所提取的质粒就是pESOD质粒,见图1。

  1:EcoRI酶切后的pESOD质粒;2:Marker

  图1   pESOD质粒经EeoRI酶切后琼脂糖电泳(略)

  22   PESOD质粒测序的部分结果   所测序列与文献〔2〕报道的hCu,Zn-SOD序列对比完全一致,证明pESOD质粒内含的hCu,Zn-SOD基因完全正确。

  23   定点突变后3个质粒测序结果及突变前后序列对比(图2)   3个质粒的测序结果有2种,分别和文献〔2〕的hCu,Zn-SOD序列对比:其中1个质粒测序结果和hCu,Zn-SOD基因序列完全一致,说明突变未成功;另外2个质粒分别有2个碱基和hfu,Zn-SOD因序列不同,也就是Cys的密码子TGC变成了Ala的密码子GCC,其他序列与hCu,Zn-SOD基因一致,符合预期要求;图2中没有短线条相连的部分为突变前后2序列的不同之处。

  A:突变后的hCu,Zn-SOD基因序列;B:hCu,Zn-SOD基因序列

  图2   hCu,Zn-SOD基因突变前后部分序列对比(略)

  3   讨论

  通过快速PCR定点突变,本研究实现了把hCu,Zn-SOD基因中的Cys111突变为Ala111。整个突变过程只需要1次PCR反应、1次DpnI酶解和1次转化,即完成了定点突变,无需对PCR产物进行末端处理,也无需进行亚克隆等,大大减少了传统定点突变的工作量,而突变成功率较高(本次实验随机挑取的3个菌落中有2个是阳性突变菌落),尤其适用于大肠埃希菌来源的DNA。
      
  快速PCR定点突变的技术要点:(1)准备突变的质粒必须是甲基化。(2)引物是一对包含突变位点的互补的(正、反向)核苷酸链,而且要比一般的PCR引物(18bp~21bp)长,一般要在25bp以上,因为引物中含有突变位点,和模板不能完全匹配。(3)须要高保真的DNA聚合酶如Pfu Turbo聚合酶。(4)PCR产物要用DpnI酶充分酶切消化,以提高突变检出率。(5)PCR延伸步骤时间要充足;因为Pfu DNA聚合酶扩增速率为05kb/min,比Taq酶慢1倍左右。(6)高保真Pfu DNA聚合酶酶量要比普通PCR所需的Taq酶多一些;因Pfu DNA聚合酶不但扩增速率较慢,而且一步法PCR定点突变扩增的是整个质粒,故所需的总时间比一般的PCR时间要长很多,适当增加酶量以补充长时间高温下的酶活力损失。(7)克隆子最后需经测序验证;高保真不等于100%保真。本研究挑选测序的3个菌落中有1个是未突变的阴性菌落,故后续的测序步骤不能省略。

  参考文献

  〔1〕   罗师平,冷希岗.基于PCR的体外诱变技术[J].国外医学生物医学工程分册,2005,28(3):188-192.

  〔2〕   Sherman L,Dafni N,Lieman-Hurwitz,et al.Nucleotide sequence and expressionof human chromosome 21-encoded superoxide dismutase mRNA[J].PNAS,1983,80(18):5465-5469.

  (文涛编校)

  *基金项目: 福建省自然科学基金(C0510004)
   
  作者单位: 福建漳州出入境检验检疫局农食实验室,福建 漳州 363000;厦门大学生命科学学院

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提供人:佚名
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