对政府机构进行合理调整和精简，都是不可能取得长期效果的。因此，有的学者指出从目前行政体制改革的实际问题和主要任务看，有效地改善行政权力机制的关键性工作在于行政体系结构的合理化和功能的合理化。行政结构的合理化即政府机构改革的实质是行政权力主体的合理分化、增减和重组，主要是行政体制形式上的变革；行政功能的合理化即政府职能转变的实质是行政权力作用的空间、领域和形式的合理变化，是行政体制的内在变革。（注：参见何颖、李萍：《我国政府机构改革中的行政权力重构》，《中国行政管理》，1998年第8期；沈荣华、朱德米：《社会主义市场经济条件下的行政改革》，《中国行政管理》，1998年第11期。）

上述体制改革思路的形成经历了一个漫长而曲折的过程，这从我国行政体制改革的实践当中可略见一斑。我国在相当长的时间里行政体制改革一般以机构改革为外现形式展开，建国初期至80年代中期，中国行政改革主要是调整中央与地方关系及在政府规模上做文章，改革的主要内容是下放权力及政府机构和人员的精简。这就是说以前我国的行政改革基本上是围绕政府的权力结构展开的，无论是下放权力还是精简机构，都没有跳出这一范畴，因为精简机构明显是政府内部结构的一种规模变化；而下放权力意味着政府权力自上而下地流动，也只是政府内部上下权力结构的调整。以往历次政府机构精简和人员裁减，都没有取得持续性的理想效果，原因就在于计划经济体制没有变动，行政改革难以触及管理体制本身，外延式的机构改革跳不出“精简——膨胀”循环往复的“怪圈”。同样，对于下放权力，学术界的批评之声也未间断过，所谓“一收就死，一放就乱”就反映了人们的一种普遍看法。特别是改革开放以来的权力下放，在学术界产生了较大争论。持赞成观点的人认为它调动了地方的积极性，促进了积极发展。但更多的学者认为其中带来的问题是十分严重的，特别是中央和地方财政收入和支出的“倒挂”现象。

正是在经历了体制改革的理论与实践的种种磨难之后，学术界开始对以往单纯精简机构的改革方案进行了否定。与此相呼应，有的学者也逐渐认识到，单纯的下放权力也不是行政体制改革的良方，甚至也非经济体制改革的方向。这种认识在80年代后期就已经形成。有经济学家曾总结了两种改革的基本思路，不仅涉及到经济改革，而且也关联到了行政改革。第一种思路认为：(1)传统社会主义体制的根本弊端是决策权力过分集中，抑制了地方政府、生产单位和劳动者个人的积极性和主动性；(2)改革的要旨，在于改变这种状况，充分调动地方和生产者的积极性；(3)调动积极性主要靠下放权力来实现。第二种思路则认为：(1)旧体制各种弊端的根源，是用行政命令来配置资源；(2)对于高度社会化的现代经济而言，唯一可能有效代替行政命配置资源方式的，是通过有宏观管理的市场制度来配置资源；(3)因此改革要以建立生产性市场制度为目标同步配套地进行。就政府功能而言，前一种思路即旨在调节中央和地方权力关系的“下放权力”，后一种则是旨在从计划经济转向市场经济的“转变职能”。无论从理论上还是从实践上来看，第二种思路显然优于第一种思路。