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设用地必须在规划的控制下，按年度用地计划实行农用地转用，依法进行土地登记，办理转用手续，取得转用证书。（3）要对所辖地域的非农建设用地作一次认真普查，制定出补办转用手续的最后期限和罚则，使所有非农建设用地必须依法取得，禁止私下流转的土地黑市；建立集体建设用地使用权交易市场。在符合土地利用规划和用途管制的前提下，依市场原则将集体建设用地使用权进入市场进行交易，这一过程不改变集体土地所有权性质，任何建设用地使用者都可根据市场公平交易的原则，与集体土地所有者或建设用地使用者进行等价交换。土地使用权价格应该是市场价格。(4)加强集体土地收入的管理，确保农民成为土地流转收益的主要获得者。在土地产权上，严格界定集体经济组织和农民在土地权利，在流转收益分配上的关系，要加强对集体经济组织土地收益资金的管理，将土地流转收益最大程度地运用于农民的社会保障，以保障农民的长远生计。
5.进行功能区内城市建设用地增加与农村建设用地减少挂钩试点。（1）由城市建设用地区域向对口农村建设用地减少区域支付土地复垦费用。（2）在建设用地挂钩过程中，城市区域要留一定比例的建设用地给原腾出建设用地的农村区域，作为工业和城市发展用地。（3）城市区域应腾出建设用地吸纳一定比例的人口进城，这部分进城农民享受与城市市民同等的公共服务。（4）对于整理出的闲置建设用地，可以不占用年度建设用地指标。
6.以主体功能区的范围界定耕地占补平衡，逐步实行功能区域之间的耕地保护与补偿机制。（1）在划定功能区之后，为了协调区域内的经济发展，可以考虑改变目前以省为单位实行耕地占补平衡的办法，改为以功能区域为单位，实行耕地占补平衡。（2）建立农田保护的地区补偿机制。鉴于区域之间以及同一地区不同县市之间发展工业化、城市化程度的差异，它们占用基本农田的量也不一样，各地可以通过县内、地区内、省内基本农田指标的置换，解决经济发展用地与基本农田保护平衡。（3）随着经济发展，跨省耕地动态总量平衡将不可避免，建议出台功能区域之间就基本农田指标异地置换的原则、方式和补偿机制等出台有关政策，这样既可以解决工业化、城市化快速发展地区的用地需求，又有利于基本农田保护面积大的地区获得一定的货币补偿。
（三）限制开发区的土地政策
1.建立生态保护的财政和地区补偿机制。（1）国家财政专门设立生态保护基金，作为对限制开发区域保护环境的补偿。（2）继续维持10-15年的退耕还林补偿政策。这一政策在其他区域可以停止，但是对于限制开发区域必须继续，这对于生态修复将起到十分有效的作用。（3）国家出台政策，建立发达地区向限制开发区域的环境补偿办法。
2.加大林权、草场权属改革，增大当地人口从林业、草业中的获利。（1）改革森林采伐制度，提高林业经济效益；（2）林地权属的长期化；（3）解决草场的“公地悲剧”问题，解决草场界定中的技术和产权问题。
3.对于资源性利用的产业发展予以土地政策的支持。限制开发区不可能完全脱离工业化进程，带来当地人口致富，应该支持当地资源性产业的发展。在建设用地指标上，改变完全集中于大中城市的格局，对于限制开发区内一些县发展资源性产业给予一定的土地指标。
（四）禁止开发区的土地政策
1.建立生态保护的财政补偿机制。由于本区域主要是国家森林公园或自然保护区，资源的保护具有国家公共品的特性，因此，必须建立限制开发区域的土地和资源保护的受益主体已经超越本地区人口，因此，必须由中央财政专门设立生态保护基金，作为对限制开发区域保护环境的补偿。
2.继续执行退耕还林和生态修复补偿政策。前些年实施的退耕还林还草政策，对于禁止开发区的生态恢复起到了十分积极的作用，考虑到这些地区的生态正处于修复期，当地农民还没有经济能力承担后续功能，继续10-15年的中央财政支持相当关键，因此，这一政策对于禁止开发区域必须继续，这对于生态修复将起到十分有效的作用。不仅如此，在实施主体功能区以后，由于禁止开发区主要承担生态功能，中央财政应对本区域生态修复以后的维护设立专门资金。
3.加大政策性移民力度，让禁止区域人口分享工业化城市化成果。禁止开发区域多为生态脆弱区域，资源的承载力不堪重负是环境恶化的主要原因。国家应和优化开发区域及重点开发区域协同，做好政策性移民工作，让限制性区域的人口分享工业化和城市化的好处，尤其是分享土地级差收益带来的好处。（1）由禁止开发区域政府与优化和重点开发区域政府联手，建立政策性移民专区，输入区和输出区政府联合组织管理区，在土地、就业、教育、社会政策等方面形成特殊政策，利于移民长期安置；（2）输入区和输出区建立建设用地指标交易平台，输入区给予输出区土地收益补偿。
4.加大林权、草场权属改革，增大当地人口从林业、草业中的获利。禁止开发区域不仅要进行生态的修复，还要增加生态保护的效益，关键是改变在林、草方面只重保护、忽视效益的思路，应建立从保护中增加收益的制度安排。（1）改革森林采伐制度，提高林业经济效益；（2）林地权属的长期化；（3）解决草场的公地悲剧问题，解决草场界定中的技术和产权问题。
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