议通过《关于国务院部委机构改革实施方案的决定》，撤消第六机械工业部，成立中国船舶工业总公司。1988年4月9日，七届人大一次会议通过国务院机构改革方案，决定撤消核工业部，成立核工业总公司，由能源部归口管理。5月，国务院总理办公会决定，中国船舶工业总公司由机械电子工业部归口管理。8月，国务院批准成立中国北方工业（集团）总公司（原兵器工业部撤消），由机械电子工业部归口管理。1990年1月18日，经国务院批准同意中国北方工业（集团）总公司对内称为中国兵器工业总公司。1991年，决定组建中国电子工业总公司。1993年6月国务院决定撤消航空航天工业部，组建航空工业总公司、航天工业总公司。至此，中国船舶工业总公司、中国核工业总公司、中国兵器工业总公司、中国电子工业总公司、中国航空工业总公司、中国航天工业总公司六大军工总公司相继建立起来了，标志着中国国防工业向社会主义市场经济转轨迈出重要的一步。
然而，六大军工总公司的建立没有完全实现科研生产单位的企业化转制，它们不是真正意义上的企业，而是一种行政性军工总公司，承担着各自行业的政府管理职能。其中绝大多数军工总公司就是在撤消政府职能部门的基础上建立起来的，甚至有些军工总公司直接承担着被撤政府职能部门的行政职能，呈现出一种“半行政、半市场化”的体制特征，“政企不分”问题没有得到根本消除。尽管如此，军工总公司的行政职能和过去政府职能部门相比毕竟要少得多，它朝企业化方向推进了一大步。国防工业的运行效率有了一定程度的提高。在这个时期，军工部门开发了大量的轻工和家用电器等民用产品，繁荣了国内市场；完成了一批国家重点项目、重大设备的研制和技术攻关任务；加速了军工技术向民用转移，在国民经济建设的许多领域内发挥了积极作用，还部分弥补了军品生产大幅度下降和科研生产能力大量闲置所造成的亏损，为和平时期动态储备国防科研生产能力，稳定和锻炼国防科技队伍，积累发展资金，做出了历史性贡献。
为了把军工科研生产部门真正转变为具有独立利益的市场竞争主体，更好地适应国防建设需要和社会主义市场经济体制的要求。1999年7月1日，根据国务院的批复，在中国船舶工业总公司、中国核工业总公司、中国兵器工业总公司、中国航空工业总公司、中国航天工业总公司基础上，按照国家确定的“分工协作、发挥优势、各有侧重、有序竞争”的原则，对各军工生产经营企业进行调整、重组，分别“一分为二”改组组建中国核工业集团公司、中国核工业建设集团公司、中国航天科技集团公司、中国航天机电集团公司、中国航空工业第一集团公司、中国航空工业第二集团公司。2001年9月6日，中国航天机电集团公司更名为中国航天科工集团公司。2002年3月1日又将信息产业部原军工研究院所组成中国电子集团公司。上述11个军工集团公司作为国家特大型国有企业，由中央管理，作为国家授权投资机构，对其全资企业、控股企业和参股企业的有关国有资产行使出资人权力和相应责任，对军队使用部门提出的武器装备研制生产任务负责抓总，财务关系在国家财政中单列。
军工集团公司的组建，是军工科研生产单位朝着企业化方向迈开了实质性的一步。主要表现在：一是从体制上解决“政企不分”问题。通过对军工总公司的改组，将军工总公司的承担的有关政府职能统归国防科工委，改组后国防科工委不再直接管理企业，各军工集团公司也不再承担政府职能。二是确立了军工集团公司的现代企业地位。各军工总公司改组为若干企业集团后，作为国家授权的资产经营主体与所属企业建立母子公司关系，按照现代企业制度组建企业集团。与此相适应，传统的行政上下级管理模式和隶属关系将逐步地被母子公司管理体制和资本联结纽带关系所代替；相应的职能也将由行政性管理为主逐步过渡为集团公司作为出资人，对有关企业行使出资人权利，并向国家承担国有资产保值增值责任，对有关企业的国有资产进行经营、监督和管理，以使其效益最大化。通过机制转换，改变“等、靠、要”观念，使集团公司真正以效益为中心，并按照市场导向进行开发经营，逐步发展成为自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的经济实体。三是新组建的集团公司拥有更多的军品经营自主权。在国防科工委行业管理范围内，经过国防科工委对合同和生产单位的资格审查并落实保障条件后，可由集团公司或由集团公司与军方商定的集团公司所属单位与军方签订供货合同，由集团公司来组织完成依据合同编制下达的军工科研生产计划。军工科研生产单位的企业化改革，不仅有助于引入竞争和市场机制作用的更充分发挥，而且有助于增强企业适应市场变化的能力，从而使其能够在国家经济建设和国防建设方面发挥了积极和主动作用。
三、国防工业的对外开放
国防工业的对外开放是国防工业市场化改革的重要内容。新中国成立后，中国国防工业的对外开放主要限于苏联和前东欧社会主义国家，而且主要以产品和技术的引进为主。20世纪60年代，由于中苏关系的破裂，中国的国防工业逼迫走上一条独立自主、自力更生的发展道路，国防工业对外开放的大门几乎处于被关闭状态。改革开放后，中国政府积极利用有利的国际和国内环境，采取了一系列措施不断扩大国防工业的对外开放。
为了推进国防工业的对外开放，中国政府相继组建了一批以军品外贸业务为主的军工企业和管理机构。1980年2月，国务院、中央军委先后批准国防工办、国防科委和二、三、四、五、六、七、八机部分别成立了中国新时代公司、中国燕山科学技术公司、中国原子能工业公司、中国航空技术进出口公司、中国电子技术进出口公司、中国北方工业公司、中国船舶工业公司、中国长城工业公司、中国精密机械进出口公司，按照国务院、中央军委批准的《国防工业部门开展进出口工作若干暂行规定》，开展对外贸易。解放军国防科工委成立后，新时代公司和中国燕山科学技术公司合并，仍称新时代公司。为进一步加强对军品出口的管理，扩大军品外贸，1989年9月26日，成立国务院、中央军委军品出口工作领导小组，办公室设在中央军委办公厅。1998年组建新的国防科工委和中国人民解放军总装备部后，按照《国务院关于议事协调机构和临时机构设置的通知》，中共中央将国务院、中央军委军品贸易领导小组撤消，规定今后军工企事业单位和军队的武器装备出口分别由国防科工委和总装备部根据实际需要发放出口许可证。国防科工委会同总装备部、外交部建立军品贸易联席会议制度，由国防科工委等有关部门修订军品贸易管理条例。1999年，根据党中央、国务院、中央军委的统一部署，新时代公司由总装备部移交国务院，成为中央直属的重要骨干企业。同年10月，组建以中国新时代控股（集团）公司为核心，以12家全资、控股企业为紧密层，以19个省市、区的88家军工集团、公司、工厂为半紧密层的新时代集团。这些公司已同世界几十各国家、地区的政府和民间厂商进行军品贸易，签订了军贸合同。
中国政府还抓住有利机会改善军工的对外开放环境，积极帮助军工企业开拓国际军工合作渠道，不断增加军工合作项目。1979年1月1日中美建交，西方发达国家对中国的禁运全面取消。中国政府利用这一有利时机，于1980年7月与法国展开谈判，使哈尔滨飞机制造厂等获得了先用法国零部件组装然后自行制造50架海豚2直升机及其100台发动机的特许权，由此生产出了直9直升机。1983年11月，中国在美国对外技术出口与转让国Ｐ组升为Ｖ组，已经是美国的友好非盟国。美国把向中国出口的技术产品分为三类：绿色类是不涉及美国国家安全的技术，经过美国商务部批准后可以向中国出口；

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