境和条件，科学运用历史与逻辑相统一的方法，准确把握邓小平的精神实质和科学体系。其次，要将邓小平理论当成一个有机的整体，对于其中的每一个重要论断都要与其他论断和观点联系起来加以研究。邓小平是精通和运用唯物辩证法的大师，他讲问题既讲“两点论”，又讲“重点论”。如他既讲以公有制为主体，又讲发展多种经济成分；既讲市场机制，又讲宏观调控；既讲以经济建设为中心，又讲两个文明一起抓，等等。我们写文章、搞研究不能因为强调一方面而忽视另一方面，搞各取所需，为我所用，而应该在潜心研读邓小平著作和党的重要文献基础上，运用唯物辩证法全面、系统地把握邓小平理论。第三，要用邓小平对待毛泽东思想的态度和方法来研究和对待邓小平理论的科学体系。邓小平反复强调我们不能只从个别词句来理解毛泽东思想，而必须从毛泽东思想的整个体系去获得正确的理解，他还曾说：至于个别的论断，无论是马克思、列宁还是毛泽东同志，都不免会有这样那样的失误。邓小平对待毛泽东思想的这种态度，为我们提供了全面、正确理解邓小平理论科学体系的原则和方法。
那么，根据现有的认识水平，可以对邓小平理论的逻辑结构作怎样的理解呢？彭国亮认为，邓小平理论可以分为三个基本层次：第一个层次是马克思哲学思想基础，即辩证唯物主义和历史唯物主义的世界观和方法论，其中特别突出的是邓小平所坚持和运用的解放思想、实事求是这一马克思列宁主义、毛泽东思想的精髓。这一层次最充分地体现了马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论的历史联系和一脉相承的关系；第二层次是邓小平依据马克思主义基本原理，立足中国国情，结合时代特征，围绕着“什么是社会主义、怎样建设社会主义”这个首要的根本问题，所得出的一系列的新结论即基本理论。这些基本理论构成邓小平理论的主干部分，包含了许多新思想、新观点，表现出对马克思列宁主义、毛泽东思想的新贡献、新发展；第三个层次是基本路线、基本战略、基本纲领、基本政策部分。改革开放为社会主义现代化建设的实践通过路线、纲领、战略、方针政策这一中介，不断升华为理论；而理论一旦形成，又推动了实践的发展。因此这些具有实践形态的理论，同样是邓小平理论的重要内容。