国国防科技工业逐步建立和发展了一套与传统计划经济体制相适应的管理制度和运行机制。其特点突出表现为：政企不分、军民分割、自我封闭和完全否定市场。随着我国经济建设和国防建设的不断推进，传统国防科技工业的体制性弊端开始日渐暴露出来，同我国经济建设和国防建设发展的实际需要越来越不相适应。20世纪70年代中后期，邓小平就我国国防科技工业体制存在的问题进行了全面和深入分析，并从制度改革和创新的角度，对我国国防科技工业体制改革问题提出了真知灼见的思想。
1．坚持集中统一领导，不断改革国防科技工业管理体制。国防科技工业的发展事关国家安全大局，坚持党和国家对国防科技工业的集中统一领导，不仅能更好地满足国家的军事战略需要，而且也符合国防科技工业自身的发展规律。新中国成立后，受特定的国际国内环境影响，我国国防科技工业逐步形成了条块分割、多头管理、军民分离和自成体系的管理体制。国防科技工业的这一管理体制，既不利于国防科研生产的专业化协作和资源的充分利用，也不利于国防科技工业自身科研生产能力和水平的提高。20世纪70年代邓小平主持军委工作后，就国防科技工业管理体制改革问题进行了深入的探讨。基本设想是：（1）按照军民结合、统一领导要求，完善国防科技工业领导体制。针对国防科技工业传统领导体制中存在的军民分离、多头管理弊端，邓小平指示将国防科技工业领导纳入整个国家的规划，进行集中统一领导。按照邓小平的精神，1979年成立国家机械工业委员会，统筹规划全国的机械工业，并将一机部、农机部、四机部和六机部划归国家机械委员会直接管理。后又撤消七、八机部，成立新的七机部。1982年国防工办和国防科委合并成立国防科工委，统管国防工业的生产和科研。1986年，将二、三、五、七机部（即核工业部、航空工业部、兵器工业部、航天工业部）由过去的国务院、中央军委双重领导，改革为国务院直接领导。随后将三、七机部合并成立了航空航天部，1993年又撤消了航空航天部，逐步打破按行业对国防科技工业进行领导管理的局面。（2）按照政企分开、有效管理要求，改革国防科技工业组织体制。政企不分是我国国有企业管理体制的一个共同特征，国防科技工业在这一点上尤其明显，这不仅严重制约了企业的生产经营活动，而且影响了政府部门的管理效率。为此，邓小平强调必须实行政企分开，扩大企业自主权，要把政企分开作为经济体制和政治体制改革的共同目标。邓小平明确指出：“企业下放，政企分开，是经济体制改革，也是政治体制改革。”[7]根据邓小平的精神，国家从组织体制上对国防科技工业进行了一系列重大改革。1988年，在机电部下设立北方工业总公司负责兵器工业，船舶工业总公司负责船舶工业；在能源部下设立核工业总公司负责核工业。1990年，成立电子工业总公司负责电子工业。1993年，撤消航空航天部后，分别成立了航空工业总公司和航天工业总公司。国防科技工业行政主管部门设立总公司后，其主要任务是制定规划，协调监督，统筹技术力量，促进军民结合，从而有助于提高政府行政主管部门的管理效率。
2．积极引入市场机制，努力转换国防科技工业运行机制。在传统计划经济体制下，我国国防科技工业实行的是高度集中的单一指令性计划运行机制，即通过指令性计划来维持整个军工科研和生产的运转。这一运行机制的最明显缺陷，就是缺乏效益意识，经济运行中的资源重复配置和浪费现象比较严重。为了克服国防科技工业传统运行机制的固有弊端，邓小平从社会主义与市场经济不存在根本矛盾，社会主义经济也是市场经济的基本认识出发，提出了军品也是商品，国防科技工业必须积极引入市场机制，按照市场经济要求转变运行机制的思想，并就如何转变国防科技工业运行机制提出了一些具体的改革思路。主要有：（1）要在军品科研和生产中实行合同制。转换国防科技工业的运行机制，重点是改革国防科技工业部门与军事部门的供求关系，其基本内容和形式就是改成订货关系，实行合同制。邓小平指出：军队和军工部门要搞合同制，“订立合同，要有数量，要有质量，要有进度，要有价格”。“军队和这些部、公司就是订货关系”。[8]实践证明，在军品研制和生产中引入合同制，有利于促进军品研制生产企业建立健全自我约束机制，强化其作为市场参与者的地位；有利于改变过去使用单位和研制单位通过军工主管部门间接发生联系的状况，使供求双方直接见面，避免供求脱节，减少浪费；有利于开展竞争，对研制单位形成强大的外部压力，迫使其提高技术，降低成本，提高资金使用效益和武器装备研制效率。（2）确立军品科研生产单位的市场利益主体地位。在军品单一指令性计划运行机制下，作为军品供给主体的科研和生产单位，只是国家行政主管部门的附属物，是一个单纯的研制和生产者，而不是相对独立、自负盈亏的经济实体。由于军品研制生产单位不负盈亏，缺乏效益意识和硬预算约束，因而军品科研生产效率往往比较低。为此，必须扩大企业的自主权，使科研生产单位成为具有独立利益的市场主体。邓小平指出：“扩大企业自主权，这一条无论如何要坚持，这有利于发展生产。”[9]按照邓小平的指示精神，军工企业的市场化改革取得了重大进展，企业的效益有了明显的提高。
3．坚持质量第一原则，改革完善科研生产单位内部管理制度。引入市场机制，转换国防科技工业运行机制后，军事部门将按照以最低价格获取最好质量的军品这一原则来进行军品采购。因此，军品科研生产单位要获得军品科研生产订货任务，并取得较高的经济效益，就必须在如何提高产品质量和降低产品成本上下功夫。军品科研生产部门担负着军品科研生产任务，其产品质量问题，不仅直接危及到使用人员的生命安全，而且影响到战争的胜败。邓小平强调指出，“科学的东西不能弄虚作假。军工产品质量就是要百分之百，可能问题就出在百分之零点几上。”[10] 因此，国防科研生产“一定要坚持质量第一”，“提高产品质量是最大的节约”。坚持质量第一，关键是要加强科研生产单位内部管理，严格落实各项规章制度。主要是：（1）加强和落实各项责任制。建立和加强各项责任制度是提高产品质量的重要保证。邓小平指出：“质量问题与建立规章制度有关。没有必要的责任制度，质量难于保证”。[11]在各项责任制度中，岗位责任制度尤其重要。邓小平强调：“岗位责任制度要赶快建立起来，要不然，出了事故找负责的也找不到，这怎么行呢？有些质量事故要追究责任，严重的要判刑。在恢复制度方面，特别是岗位责任制方面，军事工业应该走在前面。”[12]（2）建立严格的科研生产制度。降低产品成本，提高产品质量，是一个系统的过程。它涉及到产品的科研设计，零部件的加工制造，产成品的总装和出厂，以及各道工序的质量检验等每一个环节。因此，一定要建立严格的科研生产制度。在建立严格的科研生产制度方面，邓小平指出：“要恢复各种制度，恢复总工程师、总设计师、总工艺师等岗位制度。”[13]为了保证军品科研生产的进度和质量，“任何一项任务，一个建设项目，都要实行定任务、定人员、定数量、定质量、定时间等几项制度”。[14]按照邓小平的精神，军品科研生产单位不断加大了内部管理制度的改革力度，使军品科研生产效益和产品质量都有了显著的提高。（3）建立人才培养和管理使用机制。国防科技的发展，产品质量的提高，人才是关键。“我们要开一条路出来，让有才能的人很快成长，不要老把人才卡住。人才不断涌现，我们的事业才有希望。”[15] 要通过改革，打破部门、行业、地区界限，促进人才合理流动，做到

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