一、强化和完善股东大会制度。
这方面在前面关于公司治理结构的改革中已作介绍，包括增加设置股东对股东大会的召集权（现行《公司法》第43条和104条只规定了股东对股东大会的召集请求权）、限制大股东的表决权（在大股东的权益与小股东的权益发生冲突时）、利害关系股东表决权排除制度、明确董事、监事、经理等高管人员出席股东大会的义务、确认股东知情权、提案权、质询权、规范委托投票制度、建立强制性的董事监事选举累积投票制度、规定股东大会召开的最低间隔时间和股东大会召开的法定人数、小股东退股权、股东就股东大会决议提起撤销之诉或无效确认之诉的诉权、赋予新闻媒体旁听采访上市公司股东大会的权利。
二、明确控制股东对公司和其它股东的诚信义务。
明确设置控制股东的诚信义务有助于防止大股东滥用权利，以其优势地位损害小股东或公司的利益。《公司法》可能规定股东违反诚信义务时的损害赔偿责任，以确保大股东履行诚实信用的义务。
三、完善股东代位诉讼制度。
股东代位诉讼权利，是在公司董事、监事、经理执行职务，不法损害公司利益时，如果公司怠于追究上述董事、监事、经理的责任，符合一定条件的股东（主要是持股时间的限制）能代表公司向人民法院提起诉讼的权利。
四、建立股东民事索赔机制
当中小股东的利益受到侵害时，他们在法律上得不到必要的救济，这是我国现行《公司法》在中小股东权益保护方面的一大缺陷。新《公司法》将考虑建立投资者民事索赔机制。这与股东代位诉讼的区别在于股东代位诉讼是代公司诉讼，是行使共益权，民事索赔机制是行使自益权，维护自身的直接利益。
五、限制关联交易，增设大股东关联交易损害公司和其他小股东利益的救济规定。加强对公司非理性行为的规范，如母子公司间的担保和其他关联担保。
六、股东权益的保护虽然重点在于中小股东，但股东利益具有一致性，因此完善公司治理结构，规范经营者与股东的关系、内部控制关系，设置董事等高管人员的诚信义务等等强化股东权保护的措施，也共同构成了对股东权益的保护
七、引导公司增强营利能力。为确保公司经营者谋求公司利益与股东利益的最大化，新《公司法》将建立经营者的激励与约束机制。
八、考虑取消强制性税后提取公益金的规定
现行《公司法》规定公司应在税后利润中提取5-10%作为法定公益金用于职工集体福利，否则处以罚款（第177、180、216条）。这一规定不符合公司法理；与国际通行的公司法律和会计制度相悖，难与国际资本市场接轨；从税负角度，增加了缴纳所得税的基数，损害了公司股东的合法权益。《公司法》修改时对此也会予以考虑。
总的说，《公司法》修改后中小股东利益的保护比以往将大大增强，对广大中小投资人来说有了更多法律保障。


《公司法》修改与《证券法》的协调
这些年，在建立社会主义市场经济法律体系过程中，立法技术得到了大大提升，法律法规的协调问题也逐渐受到立法机关和相关人士的高度重视，《公司法》的修改也涉及与其他法律法规的协调问题，其中最明显的是与三部外资企业法、《证券法》及中国证监会针对上市公司颁布的大量规范性文件、《公司登记管理条例》的协调。
与三部外资企业法的协调主要是根据WTO规则落实国民待遇，有可能将三部外资企业法的内容归并到《公司法》中。
《公司登记管理条例》则应当根据新《公司法》进行相应修改。
因为上市、发行债券等公司融资方式逐渐成为公司直接融资的主要方式，而且这类融资规模大，社会影响广；《公司法》与《证券法》的协调也因此显得尤为急迫。我国资本市场发育晚但发展特别快，因此，《公司法》和《证券法》都面临大修改，此次两法修改同步进行，为两法的协调统一提供了良好的条件。
关于两法的协调，现在呼声较高的有以下几种立法模式。
一种是，将第四章"上市公司"一节并入《证券法》。
有专家认为《公司法》第四章"上市公司"一节关于上市条件、程序、信息披露、境外上市、暂停及终止上市等的规定，属于证券法甚至是证券交易所的上市规则的内容。当时《公司法》之所以作此规定，主要是因为《证券法》一时难以出台。现在可以趁两法修改，“各就各位”。
第二种是，在《公司法》中增设证券法律规范的识别规范。
实现机制不同是公司法与证券法的重要区别之一，证券法规范需要证券监管机构负责实施。因此，《公司法》中的证券法律规范，应增设识别规范，以利于明确证券监管机构的权限。现行《公司法》由于不能明确识别这种规范，致使证券监管机构根据《公司法》而拥有的监管权限处于一种边界不明的状态，导致证券监管机构在公司法领域的权力扩张，侵蚀公司法自身的实现机制。
第三种是，根据《证券法》的规定修改《公司法》。
前面已提到，现行《公司法》的许多条款体现了股票公开发行审批制的色彩，而《证券法》已明确规定股票发行核准制，因此《公司法》修改应明确股票公开发行以核准制取代审批制。
现行《公司法》规定公司债券的发行由国务院证券管理部门批准（第163条），《证券法》则规定由国务院授权的部门批准（第11条）。对此在修改时也应予以统一。
随着股票的无纸化、股票发行的网络化，现行《公司法》的一些规定已过时，如第88条（制作认股书的规定）等，应该作出调整。
第四只种是，《公司法》与《证券法》应该同时修改，共同完善。
需要同时修改的内容，前面关于《公司法》修改在上市条件、治理结构、股东权益保护方面的变化等节已经作了较为详细的介绍，这里就不再重复了。
需要补充的是，关于股票期权制度和投资者民事索赔机制的问题，如果在《公司法》修改时引入这两个制度，那么《证券法》也应对此有协调性的修改，否则会引起新的法律冲突。
中国证监会《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》设立的独立董事制度，在两法修改时自当要协调引入。
另外，在退市公司重组问题上，《公司法》与《证券法》对重组中的定向发行新股问题也应有相互协调的同步修改。
二板市场的推出也在等待《公司法》与《证券法》相关规定的出台
中国证监会针对上市公司颁布的大量规范性文件如《上市公司章程指引》等等虽然主要是证券规范，却对当前完善公司法人治理结构，规范上市公司行为发挥了积极作用，也与《公司法》存在一些明显的冲突。这些方面《公司法》修改中也将充分考虑。
有专家预言，经过这次修改后，我国《公司法》将成为全球发展中国家最完善的《公司法》之一。但同时，《公司法》修改也将是一个较为漫长的过程，尤其是我国公司实践处在日新月异的发展阶段，完善的《公司法》不可能一蹴而就。《公司法》修改总的方向是朝着保护和促进投资，引导公司自治进行的。